Program Studi Doktor (S3) Antropologi didirikan pada tahun 2019 setelah berpisah dari Program Studi S3 Ilmu-Ilmu Humaniora. Program ini memiliki visi untuk menghasilkan lulusan doktor yang mampu melaksanakan riset etnografi secara mandiri dengan pendekatan kritis, inklusif, refleksif, dan emansipatif, serta mampu mendiseminasikan hasil penelitian melalui publikasi ilmiah. Misi program ini meliputi penyelenggaraan pendidikan antropologi yang mengajarkan teori dan metodologi kritis, mengarahkan mahasiswa untuk melakukan analisis sosial budaya dengan kesadaran posisi diri dan akademik, serta membekali mahasiswa dengan pengetahuan reflektif di bidang kajian spesifik. Selain itu, program ini membuka ruang bagi mahasiswa untuk melakukan penelitian sosial-budaya secara emansipatif pada berbagai kelompok masyarakat, dengan pendekatan pembelajaran yang merdeka, inovatif, kolaboratif, dan inklusif. Program ini juga berfokus pada produksi pengetahuan yang relevan dengan isu-isu kemanusiaan kontemporer serta berkontribusi dalam mencari solusi alternatif.